船舶留置权是我国《海商法》规定的对于船舶的留置权，依据《海商法》第二十五条的规定，船舶留置权，是指造船人、修船人在合同另一方未履行合同时，可以留置所占有的船舶，以保证造船费用或者修船费用得以偿还的权利。船舶留置权在造船人、修船人不再占有所造或者所修的船舶时消灭。而对于船舶的扣押，原因则有许多种，包括船舶优先权人行使优先权向海事法院申请扣押船舶，普通债权人在诉前、诉讼中或是人民法院在执行阶段进行的扣押，海事行政部门对船舶的行政扣押等。关于行使船舶优先权，《海商法》第二十五条已经对船舶优先权、船舶抵押权和船舶留置权做了受偿顺序的规定，本文并不讨论。我们单就诉讼保全和执行阶段的扣押（司法扣押）和船舶留置权的冲突展开讨论。
司法扣押当中，以执行程序为例，依照《最高人民法院关于人民法院民事执行中查封、扣押、冻结财产的规定》的相关规定，人民法院可以查封、冻结、扣押被执行人财产。对于第三人占有的动产或者登记在第三人名下的不动产、特定动产及其他财产权，第三人书面确认该财产属于被执行人的，人民法院可以查封、扣押、冻结。也就是说，人民法院在确认是被执行人所有的船舶后才能扣押。司法扣押是否限制或者剥夺了船舶留置权呢？并没有。从两方面来看：1法律没有明确规定法院扣押了船舶后限制留置权人行使留置权，依据我国《民法典》的相关规定，留置权系担保物权，如果就此剥夺留置权，与我国“物权法定”的基本原则相悖。普通留置权如此，船舶留置权亦如此。
2相关司法解释给予留置权以保护。《最高人民法院关于人民法院民事执行中查封、扣押、冻结财产的规定》第十三条规定，查封、扣押、冻结担保物权人占有的担保财产，一般应当指定该担保物权人作为保管人;该财产由人民法院保管的，质权、留置权不因转移占有而消灭。
同时，《最高人民法院关于人民法院民事执行中拍卖、变卖财产的规定》第三十一条规定，拍卖财产上原有的担保物权及其他优先受偿权，因拍卖而消灭，拍卖所得价款，应当优先清偿担保物权人及其他优先受偿权人的债权，但当事人另有约定的除外。
在（2020）粤72民初337号江门市航运船舶修造有限公司与陈健超保管合同纠纷一案当中，法院认为，法律未明确规定法院扣押船舶限制船舶保管人依法主张留置权，而且因与保管人无关的其他纠纷在保管厂扣押船舶，就使保管人丧失本应享有的留置权，有悖公平的基本法律原则。并判决了江门公司对船舶具有留置权，应优先受偿。
